Младший научный сотрудник учебно-научного центра “Биоинформатика” Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича (ИППИ РАН) Анна Казнадзей приняла участие в создании компьютерной программы NSimScan (Nucleotide Similarity Scanner), позволяющей находить родственные структуры в последовательностях ДНК. Статья с описанием программы опубликована в журнале Bionformatics (Oxford University Press).
“Программа NSimScan работает со скоростью самых быстрых аналогов, значительно превосходя их по чувствительности и при многократно сниженной частоте ошибок”. – рассказывает о разработке Анна Казнадзей – “Наилучшие результаты она демонстрирует при поиске структур, совпадающих на 55 - 90 %, в очень больших базах данных. Это делает её удобной для широкомасштабных сравнительных исследований последовательностей ДНК”.
Инструмент доступен на https://github.com/abadona/qsimscan и подходит для работы на Linux, OS X и Windows (с cygwin).
Анна Казнадзей на школе-конференции ИТиС-2015
| 31.03.2016 | |