В настоящее время в ИППИ РАН функционируют следующие диссертационные советы:

Диссертационный совет  Д 002.077.05 (специальности 05.12.13  - системы, сети и устройства телекоммуникаций; 05.13.17 - Теоретические основы информатики; 05.13.18 - Математическое моделирование, численные методы и комплексы программ.

Диссертационный совет  24.1.101.01 (специальность 1.5.8. – "математическая биология, биоинформатика")