С 24го февраля продолжает работу семинар Василия Любецкого (МГУ, главный корпус, ауд. 1408, начало 16.45, по понедельникам)
Список тем и ссылки на публикации
7 апреля
Методы построения филогенетических деревьев генов.
[K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. The problems of reconciling gene and species trees, mapping a gene tree into a species tree, and gene tree inference. Abstracts of the First RECOMB Satellite Conference on Open Problems in Algorithmic Biology (RECOMB-AB), St. Petersburg, Russia, August 27–29 2012, P.48; D. G. Brown and J. Truszkowski. Fast error-tolerant quartet phylogeny algorithms. Theor. Comput. Sci., vol. 483, pp. 104–114, 2013]
14 апреля
Согласование филогенетических деревьев генов. Совместная эволюция регуляторных систем, генов и видов.
[L.Yu. Rusin, E.V. Lyubetskaya, K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Reconciliation of gene and species trees. BioMed Research International, 2013, Vol. 2013, Article ID 642089; К.В. Лопатовская, К.Ю. Горбунов, Л.Ю. Русин, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Эволюция транскрипционной регуляции синтеза пролина у гамма-протеобактерий. Вестник Московского университета. Серия 16: Биология, 2010, том 65, № 4, стр. 92–94]
21 апреля
Сценарии эволюции хромосомных перестроек.
[В.А. Любецкий, К.Ю. Горбунов. Задачи и алгоритмы, связанные с хромосомными перестройками. Сборник избранных трудов VIII Международной конференции, Москва, МГУ им. Ломоносова, 8–10 ноября 2013, М.: ИНТУИТ.РУ, 2013, стр. 764–768; Models and Algorithms for Genome Evolution. By Cedric Chauve, Nadia El-Mabrouk, Eric Tannier (editors), Computational Biology series. Springer-Verlag, London, 2013]
28 апреля
Реконструкция предковых геномов
[K.Yu. Gorbunov, O.N. Laikova, D.A. Rodionov, M.S. Gelfand, V.A. Lyubetsky. Evolution of regulatory motifs of bacterial transcription factors. In Silico Biology, 2010, Vol. 10, 0012; К.Ю. Горбунов, Е.В. Любецкая, Е.В. Асарин, В.А. Любецкий. Реконструкция эволюции бактериальных регуляторных сигналов, основанных на вторичной структуре. Молекулярная биология, 2009, том 43, № 3, стр. 527–541; В.А. Любецкий, Е.А. Жижина, Л.И. Рубанов. Гиббсовский подход в задаче эволюции регуляторного сигнала экспрессии гена. Проблемы передачи информации, 2008, том 43, вып. 4, стр. 52–71]
24 февраля
Обзор методов предсказания локализации белков в клетке. Взаимодействие внутриклеточного паразита с клеткой хозяина. Примеры: транспорт катионов двухвалентных металлов; белки роптрий, локализуемые в ядре клетки-хозяина
[А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Механизм регуляции транспорта марганца у Brucella с участием длинной спирали РНК, Биофизика, 2009, т. 54, вып. 2, с. 222–225]
3 марта
ABC-транспортёры. Предсказание специфичности к субстрату и регуляция. Пример: транспорт сульфатов в пластиды.
[V.A. Lyubetsky, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov Transcription regulation of plastid genes involved in sulfate transport in Viridiplantae, BioMed Research International, 2013, V. 2013, Article ID 413450]
10 марта - выходной
17 марта
Регуляция экспрессии генов на нескольких уровнях. Пример: регулоны NtcA и NtcB у цианобактерий.
[К.В. Лопатовская, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий Регулоны NtcA и NtcB у цианобактерий и хлоропластов водорослей отдела Rhodophyta, Молекулярная биология, 2011, т. 45, 3, с. 570–574]
24 марта
Двухкомпонентные регуляторные системы. Пример: регуляция экспрессии генов в пластидах родофитной ветви.
[О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий Усредненная энтропия как характеристика консервативности участков генома, Вестник Тамбовского университета. Естественные и технические науки, 2013, т. 18, 5, с. 2529–2531]
31 марта
Прямые и инвертированные повторы. Пример: вставки прямых повторов в микроэволюции пластид растений.
[О.А. Зверков, Л.Ю. Русин, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий Изучение вставок прямых повторов в микроэволюции митохондрий и пластид растений на основе кластеризации белков, Вестник Московского университета. Серия 16: Биология, 2013, № 1, с. 8–13]
| 01.04.2014 | |